【Wako】Omicron突变检测RT-qPCR试剂盒

【Wako】Omicron突变检测RT-qPCR试剂盒

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Omicron毒株是在南非首次发现的变异株,在刺突蛋白中含有30多个突变。它比传统的变异株具有更高的传染性,因而被世界卫生组织列为“关切变异株”。


富士胶片和光推出针对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron毒株(B.1.1.529)中N区存在的特征性突变del31-33的一步法RT-qPCR试剂盒。del31-33 是指N区第31~33位中E、R 和 S三个氨基酸缺失的突变。因为针对的是突变位点少的N区突变,并非突变位点多的S区,因此引物探针不会与其他突变位点产生反应、干扰测试。经证实,本产品不与Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株产生反应,只与Omicron毒株产生特异性反应。


SARS-CoV-2N del31-33 突变检测试剂盒【281-37703】


▍▏试剂盒组成

 

▍▏特点

● 容易判断:提供突变型和传统型的引物/探针套装,可通过比较Ct值进行判断
● 一步法RT-qPCR法快速检测突变:约70 min 即可完成
● 使用独立研发的引物探针进行高灵敏突变检测
● 当与其他突变体检测试剂盒组合使用时,所有变异株均可于同一反应条件下在1块96孔板上进行检测
N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253、N del31-33试剂盒的所有PCR反应条件相同,因此可在1块96孔板上进行检测

 

▍▏检测原理

采用TaqMan® 探针的1-step RT-qPCR。

▼使用前

在病毒RNA量多的情况下,使用传统(非突变)型检测用的Wild Type Primer / Probe,也能在变异株中观察到扩增信号。请务必同时使用传统(非突变)型检测用的Wild Type Primer/Probe 和突变型检测用的Mutant Type  Primer/Probe进行检测。比较两种Ct值,若突变型检测用Mutant Type Primer/Probe的Ct值较小,则判断该病毒为Omicron变异株。

 

▍▏实验案例

变异株检测的应用数据
用以下5种新型冠状病毒株的纯化RNA对本试剂盒进行测试:
● Omicron毒株(B.1.1.529):TY38-873P1
● alpha毒株(B.1.1.7):QHN001,N501Y突变
● Beta毒株(B.1.351):TY8-612,N501Y突变,E484K突变
● gamma毒株(P.1):TY7-501,N501Y突变,E484K突变
● 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株
样本拷贝数:5000拷贝/孔
循环数:45

 

① Omicron株(B.1.1.529):TY38-873P1

Mutant type Primer / Prob(红色)先起峰

 

② alpha株(B.1.1.7):QHN001

Wild type Primer / Probe(蓝色)先起峰

 

③ Beta株(B.1.351):TY8-612

Wild type Primer / Probe(蓝色)先起峰

 

④ gamma毒株(P.1):TY7-501

Wild type Primer / Probe(蓝色)先起峰

 

⑤ 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株

Wild type Primer / Probe(蓝色)先起峰

 

▍▏对照RNA的检测数据

使用本试剂盒测定合成的Omicron菌株的对照ssRNA。

Wild Type Control RNA:Wild type Primer / Probe(蓝色)先起峰

N del31-33 Mutant Type Control RNA:Mutant type Primer / Prob(红色)先起峰


▍▏PCR反应条件

将板置于qPCR仪板,按以下流程设定。

▍▏变异株一览表

※ 含E484A突变

▍▏产品编号

 

▍▏FAQ

Q1

是否可以判断新型冠状病毒阳性/阴性?

本试剂盒用于检测阳性样品中是否存在基因突变,不能判断为阳性/阴性。请使用SARS-CoV-2 RT-qPCR Detection Kit Ver.2(产品编号:285-33801)进行阳性/阴性的判断。本试剂盒也可以与RNA简易提取试剂SARS-CoV-2 Lysis Buffer Ver. 2(产品编号:281-34501) 配合使用。

Q2

是否可以使用direct PCR 等RNA样本简易提取法进行检测?

请使用RNA提取/纯化试剂盒纯化的RNA。

● 离心柱类型:ISOSPIN病毒RNA(产品编号:310-08931)

● 自动核酸提取仪亦可

Q3

试剂盒包装【20 Reactions】是指?

【20 Reactions】指可以分开进行20孔的实时PCR。每个样品需要2个孔(如下),即10个样品。

①含有传统菌株Primer /probe的孔

②含有变异毒株Primer /probe的孔

Q4

试剂盒中是否包含病毒的阳性对照RNA?

本试剂盒不含阳性对照。

Q5

当野生型和突变型的扩增曲线均起峰时,应如何进行判断?

如果病毒量高,无论是变异株样品,还是野生株,都有可能在其引物/探针中观察到扩增信号。然而,在此情况下,变异株的扩增信号上升得更快(Ct值小)。请务必同时使用变异株和传统菌株用的两种引物和探针进行检测,以确定 Ct 值的差异。详情请参阅说明书中的“判断方法”。

※ 仅供实验研究用,不可用于临床诊断。

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